El río Zongo cuenta contaminación del 84,24%, que según la escala ICA Global (International Co-operative Alliance) es una calidad de agua excelente. El Río más contaminado es el Choqueyapu, que tiene un nivel de contaminación del 45,76%, que se traduce en una calidad de agua media.

Tres de los ríos del Municipio de La Paz (Irpavi, Huayñajahuira y Choqueyapu) tienen una calidad de agua media, otros dos (Achumani y Orkojahuira) tienen una calidad de agua buena y únicamente el Río de Zongo, tiene una excelente calidad, según los indicadores de la  Dirección de Gestión Ambiental (DGA), dependiente de la Oficialía Mayor de Planificación para el Desarrollo (OMPD), recogidos en una investigación realizada por Valeria Revilla a solicitud del Observatorio La Paz Cómo Vamos.

Por otro lado, según la misma fuente, en el año 2013 se han transportado 186,378.13 toneladas de residuos al relleno sanitario. A comparación de 2005 la cifra aumentó considerablemente, ya que se transportaban 157,760.43 toneladas. Esto no quiere decir necesariamente que hayan incrementado los residuos, simplemente se transporta más cantidad.